Ngày 31/12/2025, Chính phủ ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024. Nghị định có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, tập trung điều chỉnh các quy định về quản lý và hoàn thuế GTGT nhằm khắc phục những vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách thuế thời gian qua.

    Đáng chú ý, Nghị định 359/2025/NĐ-CP tác động trực tiếp đến cơ chế hoàn thuế GTGT và trách nhiệm của các chủ thể trong chuỗi giao dịch, thông qua việc bãi bỏ một số điều kiện hoàn thuế chưa phù hợp thực tiễn, góp phần tháo gỡ các vướng mắc về dòng tiền cho hoạt động đầu tư, đồng thời nâng cao tính minh bạch và khả năng dự báo của chính sách thuế.

(Những điểm mới chính của Nghị định 359/2025/NĐ-CP - Ảnh minh họa)

    1. Những sửa đổi đáng chú ý của Nghị định 359/2025/NĐ-CP trong quản lý và hoàn thuế GTGT

    1.1. Bổ sung quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT

    Nghị định số 359/2025/NĐ-CP đã bổ sung Khoản 1b vào Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, nhằm làm rõ việc phân loại các trường hợp chịu thuế và không chịu thuế GTGT đối với sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường. Việc bổ sung này khắc phục tình trạng áp dụng chưa thống nhất trong thực tiễn, đặc biệt tại khâu kinh doanh thương mại.

    Theo quy định mới, nghĩa vụ thuế GTGT được xác định rõ theo đối tượng mua - bán và phương pháp tính thuế của cơ sở kinh doanh, cụ thể:

    - Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi bán các sản phẩm nêu trên cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với doanh thu này.

    - Trường hợp các đối tượng trên bán sản phẩm cho hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh hoặc các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính thuế GTGT với thuế suất 5% theo quy định.

    - Đối với các cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, khi bán các sản phẩm nêu trên ở khâu kinh doanh thương mại thì thuế GTGT phải nộp được xác định theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.

    Quy định này góp phần chuẩn hóa cách xác định nghĩa vụ thuế GTGT đối với sản phẩm sơ chế, bảo đảm phù hợp với bản chất giao dịch và phương pháp tính thuế của từng chủ thể, đồng thời tạo cơ sở pháp lý rõ ràng để áp dụng thống nhất trong thực tiễn.

    1.2. Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT gắn với việc người bán đã kê khai, nộp thuế

    Một trong những sửa đổi có tác động trực tiếp và đáng chú ý nhất của Nghị định số 359/2025/NĐ-CP là việc bãi bỏ điều kiện yêu cầu người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT như một căn cứ bắt buộc để người mua được xem xét hoàn thuế. Việc bãi bỏ này được áp dụng đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT đã nộp trước ngày 01/01/2026 nhưng đến thời điểm Nghị định có hiệu lực vẫn chưa được cơ quan thuế giải quyết.

    Theo đó, Khoản 2 Điều 1 Nghị định số 359/2025/NĐ-CP đã bãi bỏ Khoản 3 Điều 37 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định trước đây khiến việc hoàn thuế của người mua hoặc chủ đầu tư phụ thuộc vào tình trạng kê khai, nộp thuế của người bán.

    Trong thực tiễn, quy định cũ từng dẫn đến tình trạng hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài thời gian xử lý, dù người mua đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ theo quy định, do người bán hoặc nhà thầu chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế hoặc còn nợ thuế GTGT. Việc xác định điều kiện này còn phụ thuộc vào kết quả xử lý dữ liệu của hệ thống công nghệ thông tin của cơ quan thuế, làm gia tăng rủi ro và giảm khả năng chủ động của người nộp thuế.

    Việc bãi bỏ điều kiện nêu trên thể hiện sự điều chỉnh quan trọng trong phương pháp quản lý hoàn thuế GTGT, theo hướng xác định rõ trách nhiệm thuế gắn với từng chủ thể, hạn chế rủi ro liên đới và bảo đảm quyền lợi chính đáng của người nộp thuế thực hiện đúng quy định.

    1.3. Bãi bỏ quy định về thời điểm áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT

    Nghị định số 359/2025/NĐ-CP đồng thời bãi bỏ các quy định về thời điểm áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến trách nhiệm kê khai, nộp thuế của người bán đã được quy định tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.

    Cụ thể, Nghị định đã bãi bỏ Khoản 3 Điều 37 và Khoản 3 Điều 39 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, qua đó chấm dứt cơ chế áp dụng điều kiện hoàn thuế GTGT theo mốc thời gian chuyển tiếp (từ tháng 7 hoặc quý III năm 2025).

    Kể từ khi Nghị định số 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực, việc xem xét hoàn thuế GTGT được thực hiện theo quy định mới, không còn gắn với các mốc thời gian chuyển tiếp trước đây, bảo đảm tính thống nhất, minh bạch và phù hợp với thực tiễn quản lý thuế.

    1.4. Miễn điều kiện về người bán đối với hồ sơ hoàn thuế nộp trước ngày 01/01/2026

    Nghị định số 359/2025/NĐ-CP cũng quy định rõ cơ chế chuyển tiếp đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT đã nộp trước thời điểm Nghị định có hiệu lực nhưng chưa được giải quyết.

    Theo Khoản 2 Điều 2 Nghị định số 359/2025/NĐ-CP, các cơ sở kinh doanh thuộc diện hoàn thuế theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng đã nộp hồ sơ và được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 01/01/2026, nhưng chưa được ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, thì không phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đầu vào.

    Quy định chuyển tiếp này góp phần giải tỏa các hồ sơ hoàn thuế tồn đọng, bảo đảm quyền lợi chính đáng của người nộp thuế, đồng thời khơi thông dòng tiền cho hoạt động sản xuất, kinh doanh và đầu tư.

    2. Đối với hoạt động đầu tư và quản lý tài chính của Quỹ Đầu tư phát triển

    Nhìn tổng thể, các sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP đã góp phần giảm thiểu rủi ro liên đới trong quản lý thuế, nâng cao tính minh bạch và khả năng dự báo của chính sách thuế GTGT, đồng thời vẫn bảo đảm nguyên tắc quản lý thuế thống nhất, chặt chẽ theo quy định của pháp luật.

    Đối với Quỹ Đầu tư phát triển tỉnh Ninh Bình, các điều chỉnh nêu trên có ý nghĩa thiết thực và tác động trực tiếp đến nhiều khâu trong hoạt động đầu tư và quản lý tài chính.

    Một là, việc bãi bỏ các điều kiện hoàn thuế chưa phù hợp, đặc biệt là điều kiện gắn trách nhiệm hoàn thuế của người mua với việc kê khai, nộp thuế của người bán, đã góp phần hạn chế các vướng mắc về dòng tiền trong quá trình triển khai dự án. Điều này có ý nghĩa quan trọng đối với các dự án đầu tư trực tiếp, dự án nhà ở xã hội và các dự án hạ tầng kinh tế - xã hội do Quỹ làm chủ đầu tư hoặc tham gia cho vay, khi phát sinh số thuế GTGT đầu vào lớn và yêu cầu hoàn thuế kịp thời để bảo đảm tiến độ thực hiện.

    Hai là, các quy định mới tạo điều kiện nâng cao tính ổn định trong công tác lập và điều hành kế hoạch tài chính, giúp Quỹ chủ động hơn trong việc xác định tổng mức đầu tư, cơ cấu chi phí và phương án dòng tiền của dự án, hạn chế việc điều chỉnh kế hoạch do phát sinh nghĩa vụ thuế ngoài dự kiến.

    Ba là, Nghị định số 359/2025/NĐ-CP là cơ sở pháp lý quan trọng để Quỹ nâng cao chất lượng thẩm định tài chính dự án, tăng cường kiểm soát chi phí đầu tư và theo dõi nghĩa vụ thuế của các dự án vay vốn hoặc do Quỹ trực tiếp quản lý, qua đó góp phần bảo đảm an toàn vốn và hiệu quả sử dụng nguồn lực tài chính nhà nước.

    Có thể khẳng định, các sửa đổi tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP không chỉ mang ý nghĩa trong lĩnh vực thuế mà còn tác động trực tiếp đến môi trường đầu tư và công tác quản lý tài chính. Đây là cơ sở quan trọng để Quỹ Đầu tư phát triển tỉnh Ninh Bình tiếp tục phát huy vai trò là định chế tài chính nhà nước ngoài ngân sách, đồng hành cùng chính quyền tỉnh trong việc triển khai các chương trình, dự án đầu tư phát triển kinh tế - xã hội và bảo đảm an sinh trong giai đoạn mới./.